Este necesară, astfel, acordarea de noi atribuţii şi responsabilităţi unităţilor organizate la nivel judeţean. Ordonanţa de Urgenţă prevede transformarea sucursalelor judeţene în centre judeţene, ai căror directori vor fi responsabili de gestionarea fondurilor de la bugetul de stat, cu excepţia cheltuielilor prefinanţate şi cofinanţate prin schemele de plată FEGA şi schemele de plată FEADR (Fondul European pentru Dezvoltare Rurală).
APIA are în structură 42 de centre judeţene, cu personalitate juridică. Aceste centre sunt conduse de directori, numiţi prin decizia directorului general, iar structura organizatorică şi regulamentul de organizare şi funcţionare ale acestora se aprobă prin ordin al ministrului Agriculturii şi Dezvoltării Rurale.
Centrele judeţene sunt repartizate pe 7 regiuni, coordonate de câte un director regional:
Regiunea 1 - Iaşi Bacău, Neamţ, Suceava, Vaslui, Botoşani, Iaşi;
Regiunea 2 - Constanţa Brăila, Buzău, galaţi, Tulcea, Vrancea, Constanţa;
Regiunea 3 - Bucureşti Dâmboviţa, Călăraşi, Giurgiu, Ialomiţa, Prahova, Teleorman, Bucureşti, Ilfov, Argeş;
Regiunea 4 - Craiova Gorj, Mehedinţi, Olt, Vâlcea, Dolj;
Regiunea 5 - Timişoara Arad, Caraş-Severin, Hunedoara, Timiş;
Regiunea 6 - Cluj Satu-Mare, Bistriţa-Năsăud, Cluj, Maramureş, Sălaj, Bihor;
Regiunea 7 - Braşov Braşov, Covasna, Harghita, Mureş, Sibiu, Alba.
Informaţii de background
În prezent, competenţa administrării cotei naţionale de lapte este atribuită Departamentului de administrare a cotei de lapte din cadrul Agenţiei Naţionale pentru Ameliorare şi Reproducţie în Zootehnie Prof. Dr. G.K.Constantinescu, aflată în subordinea MADR. În cazul depăşirii cotei de lapte alocată, România plăteşte o penalitate către Comunitatea Europeană. Taxa se plăteşte în termenele stabilite conform reglementărilor UE, în întregime, de către cei care contribuie la depăşirea componentelor cotei.